2015年3月6日，臺灣大學日本研究中心與京都大學人文科學研究所於簽訂學術合作協議。藉由學術合作，相信能更加強化本中心與各國連結的脈絡。京都大學人文科學研究所山室信一所長在簽約儀式後，致詞表達對兩校學術協議的期許與勉勵。其摘要如下：

　　我首先要對台大日本研究中心這一年來不斷舉辦各項學術活動一事表達敬意，也很榮幸京大人文科學研究所有機會能夠與台大日本研究中心簽訂學術合作協議。人文科學研究所在京大是規模首屈一指的學術部門，現在各大研究所所採取之「共同研究」的模式，也是從人文研開始的。我們期許共同研究的形式不只是研究者的集合，也希望分享彼此的研究資源。日本現在已有所謂的「共同利用共同研究據點」，「共同利用」是讓日本各大學都能夠利用所有的研究資料共同研究；而「共同研究據點」則是從全日本收集研究課題，進行各大學的合作。我推測日後的研究模式將會逐漸的據點化、網絡化，而台灣正好擁有良好的地利條件。這次的論壇也體現了這一點，希望台大日本研究中心能夠在此成為一個國際交流的場所。我要在此再度感謝促成這次論壇的陳弱水院長與徐興慶教授，希望日後台大與京大可以繼續合作，促進學術交流，提高彼此人文學系的學術水準。

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　2015年3月6日、台湾大学日本研究センターと京都大学人文科学研究所の学術協定調印式が執り行われました。この締結によって、台大日本研究センターと各国とのつながりがさらに強化されるものと期待されます。調印式の後、京都大学人文科学研究所の山室信一所長が、両校の学術協定について、以下のような期待と激励の辞を述べました。（以下、概要）

　まず、台大日本研究センターがこの1年絶えず行ってきた学術活動に対して、敬意を表します。また、両校間での学術協定締結を大変光栄に思います。人文科学研究所は京都大学において最大の規模を誇る学術部門であり、現在各大学の研究所が採用している「共同研究」の形も、この人文研から始まったものです。私たちは共同研究という形が単なる研究者の集合体ではなく、互いの研究資源を共有するものとなることを望んでいます。現在、日本にはいわゆる「共同利用・共同研究拠点」がありますが、この「共同利用」とは日本の各大学があらゆる研究資料を利用し、共同で研究できるようにしたものであり、「共同研究拠点」とは、日本全国から研究課題を集め、各大学で協力して研究を進めていく拠点のことです。私は、今後の研究の形はしだいに拠点化、ネット化していくと見ていますが、台湾はまさにすばらしい地理的条件のもとにあります。今回の論壇はこの点を体現しており、台大日本研究センターがここに国際交流の場を形成してくれればと思います。最後に、あらためて今回の論壇開催に尽力してくださった陳弱水院長と徐興慶教授に感謝の意を表します。また、今後台大と京大が協力して学術交流を推進し、互いの人文学系の学術水準を高めていくことを期待しています。