本中心旨在整合校內外日本研究師資，培育年輕的日本研究人材，創立具有台灣日本研究特色的研究價值。
本中心重點任務如下：
- 建立台灣日本研究之基地，拓展國際共同研究與學術交流。
- 以培養新世代日本研究的年輕學者、研究生為主要目的。
- 將台灣的日本研究成果，向東亞各國及全世界發聲。本中心負責編輯臺大出版中心發行的「日本學研究叢書」，每年將持續發行四至六冊。本叢書為臺灣學術機構首次以日文出版的專書系列。
- 本中心以人文與社會科學(法律、政治、經濟、社會學)對話，跨領域的整合國內外研究人才，以建構及發展新學術領域「國際日本學」為目標。立足台灣，放眼東亞及世界為前提，並建構「具有台灣特色的日本研究」為發展目標。
- 本中心研究的對象除日本之外，重視中國、韓國等東亞國家如何看日本，從周邊看日本研究的視野，以宏觀的角度進行日本研究，更從比較的觀點，客觀的分析日本，將研究成果，提供給國內產、官界，作為促進台日實質關係之參考。
- 建構學術網絡，促進與各國日本研究機構之資訊交換，強化各項學術交流。
