依「國立臺灣大學文學院日本研究中心設置要點」,本中心設主任一人,綜理中心各項業務。並設「諮詢委員會」,邀請國內外學者及社會賢達為諮詢委員。另設置「執行委員會」,聘校內外學者為執行委員,負責中心工作之規劃與執行。如下圖所示:
本中心業務內容如下:
(一) 在臺灣及本校推動日本研究,提高日本研究之水準。
(二) 鼓勵本校師生投入日本研究。
(三) 進行國內外日本研究之學術交流。
曹景惠(臺灣大學日本語文學系副教授兼系主任)
鄭毓瑜(臺灣大學文學院院長)(當然委員)
高 寬(一般財團法人台灣協會理事)
黃仁安(世聯倉運文教基金會董事長)
蔡鴻賢(東方線上股份有限公司執行長)
謝牧謙(輔仁大學跨文化研究所教授)
甘懷真(臺灣大學歷史學系教授)
田世民(臺灣大學日本語文學系副教授)
林立萍(臺灣大學日本語文學系教授)
徐斯勤(臺灣大學政治學系教授)
曹景惠(臺灣大學日本語文學系副教授兼系主任)
彭春陽(淡江大學日本語文學系教授)
黃詩淳(臺灣大學法律學系教授兼副院長)
蘇顯揚(中華經濟研究院日本中心總顧問)